L’Eglise a joué un rôle important dans l’histoire de la vallée, les abbayes la dominaient et possédaient de nombreux biens. Deux d’entres elles se sont implantées sur ses rivages : Cysoing, centre d’un domaine appartenant à Louis Le Pieu à l’époque carolingienne, Marquette créée primitivement sur le territoire de Marcq-en-Barœul en 1226. D’autres institutions possédaient des biens dans la vallée : la collégiale Saint-Pierre de Lille ou les abbayes de Flines et Loos. Au XIIIè siècle les terres sont défrichées et mises en culture en grande partie par les établissements religieux.